分离分析化学（中国科学院分离分析化学重点实验室）：以色谱分离分析研究为基础，以生命科学、天然产物、环境科学等复杂样品的分析为目标，重点研究多维色谱基础理论、发展色谱新材料和新技术以及解决国家重大需求领域的分离鉴定问题。　

　　医学分离材料研究：亲和分离技术在生物制品和医药制剂纯化及体液有害物质去除中的应用和用于建立新药创制平台。 

　　药物化学：中医方剂作用原理（配伍等）及其化学物质基础的研究，中药材及中成药综合指纹谱及质量控制的研究、现代中药创制的方法、技术及其产品开发，天然抗癌化合物的结构改造和新药创制。 

　　天然产物与糖工程：植物糖生物学-寡糖诱导植物抗病机理研究，寡糖工程技术研究及寡糖工程产品开发，活性寡糖制备工具酶及药筛靶分子蛋白的基因克隆、表达及分离纯化，天然药物筛选模型的建立及新药开发。 

　　生物医学材料工程：材料筛选、改性、加工成型；微囊化组织细胞移植；细胞培养微反应器；药物控释载体；创伤医用敷料。 

　　药用资源开发:中药成分的肠道代谢行为及其靶向作用体系的研究。 

　　生命科学中毛细管电泳和芯片电泳：芯片毛细管电泳为核心，开展微分析系统的理论探索、方法发展和应用拓展等方面的研究。 

　　生物分子高分辨分离分析：化学生物学中重要复杂样品分析的创新性研究——高分辨分析方法及技术，代谢组学和重大疾病早期诊断方法学，重要活性分子识别，有毒污染物的检测新方法及其生态毒理效应，新型气相色谱柱系统工程化。 

　　药用资源开发：中草药先导发现和优化的新方法和新技术；药靶验证：肿瘤多药耐药的逆转机制. 

　　生物分离分析新材料与新技术：生物分离分析新材料、生物微分离分析和结构鉴定、生物色谱分离分析和筛选中药活性成分。 

　　海洋生物产品工程：依靠生物工程原理和技术研究海洋生物资源开发利用。 

　　生物质高效转化利用：利用生物工程技术研究生物质高效转化利用及应用。 

　　生物分子高效分离与表征。