整合药物研究室（三十一室）基于中国科学院大连化学物理研究所创新药物研发及植物化学与天然药物重点实验室的重大任务需求，由方晔研究员领衔成立于2024年，主要聚焦于中药新药和创新药物研发。三十一室将与本草物质科学研究室（二十八室）紧密合作，结合二十八室中药科学研究中心的天然药物发现，形成满足新药创制需求且与国际接轨的中药新药和创新药物研发体系，实现上游发现，下游研发的全链条贯通。在新药创制方面，重点围绕纤维化疾病（如特发性肺纤维化IPF、代谢功能障碍相关肝纤维化MASH、肾间质纤维化）、皮肤疾病（如特应性皮炎AD、银屑病和白癜风）、肿瘤免疫（如炎症性肠病IBD、癌性疼痛和癌症）等关乎国民健康的重大疾病，开展靶向中药新药和创新药物研发。研究方向包括：（1）中药新药和创新药物研发；（2）药物化学、整合药理学、成药性、预临床和药物综合开发研究；（3）生物技术研发等。

 当前，西方创新药研发遵循从疾病选择、靶点发现、药物发现、药物开发到新药申报的线性流程，平均耗时10至15年、耗资10至15亿美元，呈现周期长、成本高、风险大的特点。过去70年间，药物研发效率持续下降，探索全新研发模式势在必行。

 在这一背景下，人工智能（AI）技术正深度重塑药物研发全链条。在靶点发现阶段，AI融合自然语言处理与多组学数据，实现对靶点致病性、成药性等的智能评估；在药物发现阶段，基于AlphaFold预测和真实蛋白结构，通过从头分子生成和理性设计，加速药物发现；在临床前研究环节，AI通过ADMET预测与逆合成分析，提高可药性，同时显著降低实验依赖与合成成本。

 研究室针对三大类疾病未满足的临床需求，聚焦前沿靶点，构建融合知识图谱与大语言模型的靶点机制验证体系，发展AI赋能的多模态分子指纹技术以优选先导化合物，借助类器官和动物模型推进至IND申报，发展AI驱动创新药物研发新模式，实现原创药的突破。